Pio X nel 1912 volle fare edificare una chiesa nel quartiere Ostiense, nei pressi del gasometro, per provvedere alla vita spirituale della popolazione ivi residente, ma morì prima di poter vedere incominciare i lavori. Il suo successore Benedetto XV si impegnò per l’avvio di essi, e la chiesa fu dedicata a San Benedetto proprio in ricordo del papa, ma per una serie di contrattempi alla sua morte l’opera aveva appena avuto inizio. Infatti, abbattuta un’antica e vetusta cappellina, dapprima (nel 1916) si adattò a chiesa una baracca della zona, poi incominciarono i lavori della nuova chiesa, ma alla morte del papa erano stati eretti solo i pilastri e il tetto. Fu solo nel 1925, sotto il pontificato di Pio XI, che si lavorò per completare la chiesa, che venne ufficialmente eretta in parrocchia il 3 giugno 1926 con la costituzione apostolica “Nostri pastoralis officii”.
ACTA APOSTOLICAE SEDIS Costituzione apostolica “Nostri pastoralis officii” PIO XI
Per diversi anni la parrocchia fu affidata ai sacerdoti della Compagnia di San Paolo; dal 2020 è affidata alla Società del Verbo Divino (in latino Societas Verbi Divini) che è un istituto religioso maschile di diritto pontificio: i membri di questa congregazione clericale, detti popolarmente Verbiti, pospongono al loro nome la sigla S.V.D.
È sede del titolo cardinalizio di San Benedetto fuori Porta San Paolo.
Una lapide in fondo alla chiesa ricorda la visita effettuata da Giovanni Paolo II il 14 febbraio 1988.